聖托里尼島上的機場名為聖托里尼國際機場（代號：JTR），位於島的東面。由機場開車到市中心 Fira 約需10分鐘，機場也有巴士到島上各處。

香港和台灣均沒有直航機到聖托里尼，多數要轉2-3次機，中轉到雅典國際機場。因此，第一次到希臘的遊客通常會留一兩天在雅典參觀歷史遺跡，再飛往聖托里尼。我當時就是搭飛機從雅典飛往聖托里尼。你可能會問：搭飛機不會很貴嗎？在分析下列因素後，我選了搭飛機： 

• 從雅典出發（主因）：雅典有希臘最大的國際機場，每天都有班次飛往聖托里尼，十分方便。重點是飛行時間只需45分鐘，相比搭船的7小時，簡直是神速。再者，搭船會暈船浪，我沒信心能挺過7小時這麼長的時間。
• 淡季船期少：10月尾開始接近希臘的淡季，一天只有三班船，而且時間都在早上或中午開出，晚上才抵達。基本上你有整天的時間都在船上渡過。除非你不趕時間，否則像我只有2天在聖托里尼，花一天搭船是不便宜的。
• 淡季機票不貴：10月尾從雅典來回聖托里尼的機票只需 HKD$700，比船票貴了約 HKD$200，但可以有多一天的時間留在島上遊覽，這錢花得很值得。

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• 往來雅典與聖托里尼的廉航有 Ryan Air 和 Volotea。搭廉航時要注意行李限重和是否需要打印 boarding pass，否則會有昂貴的額外收費。